أنشئ القسم في سبتمبر 1950 كأحد أقسام كلية العلوم جامعة إبراهيم باشا الكبير (عين شمس الآن) واتخذ مقراً مؤقتاً له بدار المعلمين العليا بالأورمان - جيزة وقام بالإشراف على تخريج الدفعة الأخيرة من هذا المعهد. وعندما انتقلت الكلية إلى مبانيها الحديثة بالعباسية ، بدأ القسم نشاطه بعدد محدود من أعضاء هيئة التدريس ونشأت مدارس علمية في مجال كيمياء السطوح ، الكيمياء العضوية وغير العضوية.
ومنذ إنشاء القسم عمل على تطوير مناهج الكيمياء حيث لم تكن صورة طبق الأصل من مناهج جامعة القاهرة الجامعة الأم. فقد أدخلت مناهج جديدة واستحدثت درجة للبكالوريوس في الكيمياء التطبيقية عام 1963 بجانب بكالوريوس الدرجة الخاصة والدرجة العامة. كما أشرف القسم على تدريس مناهج الكيمياء العامة لطلاب كلية الطب لسنوات عديدة حتى أخذت كلية الطب على عاتقها هذه المسئولية.
ويعتبر قسم الكيمياء الآن من الأقسام الكبيرة بالجامعات المصرية حيث يعمل به 136عضو هيئة تدريس وثلاثون معيداً ومدرساً مساعداً موزعون على ثلاثة شعب هي : شعبة الكيمياء العضوية وشعبة الكيمياء الفيزيائية وشعبة الكيمياء التحليلية وغير العضوية ، كما يشرف القسم على تدريس مقررات الكيمياء بالسنوات الإعدادية بكليتي الصيدلة وطب الأسنان. وفي إطار نشاط القسم في مجال البحوث العلمية ، يقوم القسم بإجراء العديد من البحوث العلمية ومنح درجات الماجستير والدكتوراه في المجالات الآتية :

1. كيمياء المركبات غير متجانسة الحلقات.
2. الكيمياء العضوية التشيدية.
3. كيمياء النواتج الطبيعية.
4. كيناتيكية التفاعلات الكيميائية.
5. كيمياء السطوح وتطبيقاتها في الحفز.
6. الكيمياء التحليلية وتطبيقاتها البيئية.
7. الكيمياء الكهربية وتطبيقاتها.
8. الكيمياء الضوئية.
9. كيمياء البلمرات .
10. كيمياء الأسمنت وتكنولوجيا مواد البناء.

قام القسم بتنظيم العديد من المؤتمرات الدولية والندوات وورش العمل فى مجال كيمياء المركبات غير المتجانسة الحلقات والكيمياء الضوئية. كما قام القسم بتنظيم مؤتمر الاتحاد الدولي للكيمياء الخامس عشر حول تدريس الكيمياء والتغيرات البيئية العالمية في أغسطس 1997. الجدير بالذكر أن هذا المؤتمر عقد للمرة الأولى بمصر بجامعة عين شمس. وكذلك تنظيم نـدوات وورش عمل لتطوير مناهج الكيمياء لتواكب التطور المنشود للقرن القادم.
يعمل القسم على إقامة علاقات علمية مع العديد من الجامعات الأجنبية لتبادل الخبرات والوقوف على المستحدث في مجالات البحوث العلمية والمناهج التدريسية. كما يسعى القسم دائماً إلى إيجاد فرص بالخارج لدراسة المعيدين والمدرسين المساعدين عن طريق القنوات العلمية، كما يسعى إلى إيفاد العديد من أعضاء هيئة التدريس في مهمات علمية أو زيارات خاصة لإجراء بحوث مشتركة مع المدارس العلمية المعروفة بالخارج.
ويسعى القسم دائماً إلى الاتصال بالمراكز الصناعية لتقديم الخدمات للصناعة الوطنية والعمل على حل المشاكل وتنظيم دورات تدريبية للعاملين بها. كما يقوم القسم بالتعاون مع جهاز شؤون البيئة والقوات المسلحة ووزارة الصناعة ووزارة التربية والتعليم وكذلك الهيئات الدولية مثل هيئة الفولبرايت واليونسكو وهيئة التبادل الثقافي الألماني وغيرها من الهيئات.
ويهدف القسم دائماً إلى مواجهة متطلبات القرن إلحادي والعشرين ومن هذا المنطلق فقد قام القسم بإعداد لائحة تدريسية جديدة تتضمن إنشاء شعب جديدة للكيمياء البيئية وكذلك الكيمياء التطبيقية. كما يعمل القسم على إدخال نظم متطورة في مجالات البحث العلمي والتدريس من خلال خطط محددة والمساهمة الفعالة في حل مشاكل البيئة والصناعة والزراعة.